动物医学系成立于2019年8月，由原预防兽医学教研室和临床兽医学教研室合并而成。全系现有教职工25人，其中教授7人，副教授6人，高级实验师1人，高级兽医师1人，讲师5人，助教1人；博士16人，硕士4人。拥有国家级、省级优秀教师、省级教育先进工作者和省级拔尖人才、中青年学科带头人等4人，安徽省现代农业产业技术体系岗位专家3人；省级教学名师1人，省级教坛新秀1人；7位教师担任硕士研究生导师。拥有预防兽医学、临床兽医学和小动物医学3个省级教学团队、1个安徽省科研平台创新团队。
动物医学系目前承担着动物医学、动物科学和动植物检疫专业的《兽医微生物学》、《畜牧微生物学》、《兽医传染病学》、《动物寄生虫病学》、《兽医免疫学》、《兽医生物制品学》、《分子生物学原理及应用》等30余门课程的理论和实验教学任务，同时承担着《兽医临床诊断学大实验》、《兽医微生物学大实验》、《中兽医学大实验》、《兽医传染病学大实验》、《兽医寄生虫病学大实验》等教学实习和毕业生毕业实习等任务。其中，《兽医外科手术学》、《兽医临床诊断学》、《动物寄生虫病学》等16门课程为省级建设课程。
动物医学系建有动物营养调控与健康安徽省重点实验室、农业农村部猪肉质量安全控制重点实验室（校企共建）、家禽疫病防控与监测安徽省高校重点实验室、安徽省SPF实验动物中心、安徽省兽医临床诊疗省级实习实训中心等省部级科研与实践实训平台，设有1个动物医学实验教学中心，实验室面积超过3000m2，实验仪器设备总值2000多万元。注重校企合作办学和校外基地建设，先后与大北农集团、温氏集团、中牧集团等90多家校外企事业单位建立产学研合作关系。
动物医学系教师积极参与科研和教研，以科研和教研促进学科建设和教学质量提高。近3年来共承担各级科研课题32项，获批省级质量工程项目10项，在研经费近1000余万元。授权国家发明专利和实用新型专利17项，制定国家行业标准和地方标准各1项，计算机软件著作权。撰写或参编教材和著作3部，在省级以上学术刊物上发表科研论文63篇（其中SCI，medline等收录30篇），教研论文15篇。（数据截至2023年3月）
